Wojska rosyjskie w Czeczenii nadal zatrzymywały ludzi w punktach granicznych i na obszarach leżących pod swoją kontrolą. Większość z nich została zatrzymana podczas tak zwanych "operacji czyszczących" w świeżo zajętych miastach lub w czasie kontrolowania konwojów jadących z Czeczenii do sąsiedniej Inguszetii. Ludzie zatrzymani przez siły rosyjskie byli wysyłani do tajnych "obozów filtracyjnych", gdzie przetrzymywano ich bez możliwości kontaktu z krewnymi, prawnikami, światem zewnętrznym. Ci, którzy przeszli przez "obozy filtracyjne" twierdzą, że tortury przeprowadzano tam systematycznie i rutynowo. Liczne doniesienia mówiły o gwałceniu zatrzymanych, biciu ich młotkami i pałkami, stosowaniu wobec nich elektrowstrząsów i gazu łzawiącego. Niektóre relacje zatrzymanych mówiły o piłowaniu zębów lub biciu w obydwa uszy jednocześnie, tak by rozerwać bębenki. Wyżsi oficerowie rosyjscy cały czas zaprzeczali istnieniu "obozów filtracyjnych" i twierdzili, że nikt z zatrzymanych w Czeczenii nie był torturowany. Świadkowie twierdzili, że pochodząca z Urus-Martanu czternastoletnia dziewczyna zmarła na początku roku podczas zatrzymania w Czernokozowie, najprawdopodobniej w wyniku tortur: wielokrotnie gwałcili ją rosyjscy strażnicy. Dziewczyna była podobno zatrzymana w punkcie kontrolnym, gdy podróżowała autobusem. Według świadków, przetrzymywano ją w celi numer 25 w Czernokozowie. Celę zamieszkiwało sześćdziesiąt kobiet, które były narażone na bicie ze strony strażników. Musa (imię zostało zmienione), był przetrzymywany w Czernokozowie. Twierdził, że szesnastoletni chłopak o imieniu Albert, pochodzący ze wsi Dawidienko, został przyniesiony do swej celi po tym, jak strażnicy dokonali na nim zbiorowego gwałtu i ciężko go pobili. Odcięto mu ucho. Musa twierdził, że w ciągu 21 dni jego pobytu w obozie zgwałcono ponad dziesięciu mężczyzn. Wśród jego współwięźniów znaleźli się mężczyzna, któremu strażnicy poważnie podpalili ręce zapalniczkami oraz siedemnastolatek, któremu spiłowano zęby metalową piłką i postrzępiono wargi, tak że nie mógł jeść, pić ani mówi