Kontrowersje
Autor zaprzecza, by
Mroczne materie miały być antytezą do
Opowieści z Narnii, siedmiotomowej powieści napisanej przez
C.S. Lewisa. Pullman oskarża Lewisa o zawieranie treści „rażąco rasistowskich” i „niezwykle lekceważących wobec kobiet” w powieściach przez niego napisanych
[4].
Instytucje religijne są krytykowane przez postaci występujące w powieści. Jako przykład podać możemy
Rutę Skandi, wiedźmę i przyjaciółkę głównej bohaterki Lyry. Nawołuje ona do walki przeciw Magistraturze (Magisterium), głównej instytucji religijnej świata Lyry.
Ostatecznie Autorytet, istota czczona w świecie Lyry jako Bóg, okazuje się być nie stwórcą świata, a jedynie pierwszym i najwyższym aniołem. Zgodnie z trylogią, wszystko, co istnieje, włącznie z samym Autorytetem, powstało z Pyłu.
Członkowie Kościoła ukazywani są zazwyczaj jako fanatycy.
W wizji Pullmana
Niebo w chrześcijańskim jego rozumieniu nie istnieje. W trzecim tomie cyklu miejsce, do którego trafiają dusze (ludzkie i nie tylko) po śmierci, ukazane zostało jako ponura pusta równina, na której po wsze czasy cierpią dręczone przez
Harpie. Zmienia się to jednak po tym, jak
Lyra wraz z Willem, przy pomocy magicznego noża otwierają przejście prowadzące z zaświatów ku innemu wymiarowi. Tym samym uwalniają dusze zmarłych, by mogły się rozproszyć w powietrzu i stać się jednością ze wszechświatem.
Jednak powieść pomimo kontrowersji większości grup chrześcijańskich
[potrzebny przypis] doczekała się poparcia między innymi
Arcybiskupa Canterbury,
Rowana Williamsa, który argumentuje, iż
Pullman w swym dziele nie występuje przeciwko samemu
Kościołowi[5], lecz niebezpieczeństwom związanym z
dogmatyzmem i wykorzystywaniem
religii jako narzędzia ucisku.